La grotte de la Nisotte, dont l'entrée était effondrée est composée d'une galerie étroite et sèche de six mètres de long qui débouche sur une succession de deux puits ; c'est dans le deuxième que l'on peut avoir accès à une salle large de 6 mètres, longue de 30 et haute de 15. Elle contenait les restes osseux de trois ours, d'un chien ou loup et d'un chat sauvage.

Dans une autre salle ont été retrouvés des restes récents d'oiseaux et de reptiles. La grotte se révèle avoir fonctionné comme un piège naturel pour tous ces vertébrés. Dans cette cavité les spéléologues ont trouvé un squelette complet d'une ours femelle vieux, au minimum 5.000 ans, de nombreux éléments crâniens, de sujets et de sexe indéterminés pour l'instant, ainsi qu'un squelette d'ourson d'un an datant du quaternaire. Cette découverte exceptionnelle confirme que la Franche-Comté est une région du plus haut intérêt pour la paléontologie du quaternaire en général et pour les ursidés en particulier. La grotte de la Nisotte est au moins le quatrième site régional renfermant des squelettes d’ours brun. Jean-Claude Grenier, le maire de la localité est descendu en personne dans la grotte avec les spéléologues. Il a pu se rendre compte de l'importance de cette richesse souterraine particulière qui sera sans aucun doute, mise en valeur dans les mois à venir.